يضم مجلس الأمناء الأعضاء التاليين:
- وزير الصحة والتعليم الطبي رئيساً لمجلس الأمناء.
- رئيس الجامعة أميناً لمجلس الأمناء.
- من أربعة إلى ستة هيئات محلية ووطنية تساهم بشكل كبير في تطوير الجامعة كأعضاء في مجلس الأمناء.
مهام مجلس الأمناء:
1-اعتماد اللوائح الداخلية والإدارية والميزانية التفصيلية واللوائح المالية وحسابات الجامعة.
2-تحديد نفقات البحث والتعليم.
3-تقييم واعتماد الميزانية المقترحة من رئيس الجامعة.